Avec un taux d'absentéisme atteignant 4,8 % en 2025 selon le Datascope AXA 2026, soit une progression de 50 % depuis 2019, chaque gestionnaire de paie traitant une cinquantaine de dossiers est confronté à deux ou trois arrêts maladie par mois. Or, un arrêt maladie mal traité sur le bulletin de paie peut générer une double indemnisation du salarié, un manque à payer sanctionnable lors d'un contrôle URSSAF, ou encore un préjudice fiscal lié à un mauvais traitement des IJSS dans la déclaration de revenus préremplie. Chez Solut'Expert, cabinet d'expertise comptable installé à Beauvais, la gestion sociale fait partie intégrante de l'accompagnement proposé aux entreprises, artisans et professions libérales confrontés à ces problématiques quotidiennes. Voici un tutoriel en trois étapes pour traiter chaque arrêt maladie sur le bulletin de paie de manière fiable, de la vérification des droits jusqu'à la validation finale du maintien de salaire.
Avant toute saisie dans le logiciel de paie, il faut s'assurer que le salarié remplit les conditions pour percevoir des indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS). Pour un arrêt ne dépassant pas six mois, le salarié doit avoir travaillé au moins 150 heures au cours des trois derniers mois civils, ou avoir cotisé sur un montant équivalent à 1 015 fois le SMIC horaire au cours des six mois précédents.
Lorsque l'arrêt se prolonge au-delà de six mois, les exigences se renforcent : 12 mois d'affiliation à la Sécurité sociale et 600 heures travaillées — ou cotisation sur 2 030 fois le SMIC horaire — au cours des 12 mois précédents.
Le délai de carence de la Sécurité sociale est de 3 jours calendaires pour une maladie non professionnelle : les IJSS ne débutent qu'au 4e jour. En accident du travail ou maladie professionnelle (AT/MP), aucune carence ne s'applique. Par exemple, un salarié arrêté le lundi pour une grippe ne sera indemnisé par la CPAM qu'à partir du jeudi. Rappelons que le salarié est tenu de remettre le volet 3 de son avis d'arrêt à l'employeur dans les 48 heures suivant la prescription. En cas de retard, l'employeur ne peut pas signaler l'arrêt en DSN dans le délai de 5 jours imparti, ce qui retarde le paiement des IJSS par la CPAM. Toutefois, le retard du salarié ne dispense pas l'employeur de sa propre DSN dès qu'il a connaissance de l'arrêt, même par un autre moyen (SMS, mail). Pour chaque renouvellement d'arrêt, le même délai de 48 heures s'applique ; l'absence de transmission d'une prolongation autorise l'employeur à suspendre le complément pour la période non justifiée.
Le calcul du montant repose sur le salaire journalier de base (SJB), obtenu en divisant la somme des trois derniers salaires bruts par 91,25. L'IJSS correspond à 50 % de ce SJB. Attention : depuis le 1er avril 2025, le décret n° 2025-160 a abaissé le plafond de calcul de 1,8 SMIC à 1,4 SMIC, ce qui fixe le maximum de l'IJSS journalière à 41,95 € brut au 1er février 2026.
Exemple : Arnaud Lessenne, cadre commercial percevant 3 500 € brut par mois, est en arrêt maladie pour une durée de 30 jours. Son SJB s'établit à (3 × 3 500) ÷ 91,25 = 115,07 €. L'IJSS théorique serait de 50 % × 115,07 = 57,53 € brut/jour. Mais ce montant dépasse le plafond en vigueur (41,95 €). L'IJSS effectivement versée est donc plafonnée à 41,95 €, soit un écart de 15,58 € par jour non couvert par la Sécurité sociale. Sur un mois complet de 30 jours d'arrêt, le déficit atteint 468 €. Ce manque peut être partiellement comblé par un contrat de prévoyance collective, dont l'existence doit être vérifiée auprès de la convention collective applicable. Si celle-ci oblige l'employeur à souscrire une telle couverture et qu'il ne l'a pas fait, il engage sa responsabilité pour le préjudice subi par le salarié et s'expose à une condamnation à rembourser les prestations manquantes — un coût potentiellement bien supérieur au prix de la cotisation de prévoyance elle-même.
Conseil : Avant d'estimer combien coûtera un arrêt maladie à votre entreprise, vérifiez systématiquement si votre convention collective impose un contrat de prévoyance collective. Le prix de ce contrat (généralement entre 0,5 % et 2 % de la masse salariale brute selon les garanties) est largement inférieur au coût d'une condamnation à rembourser les prestations manquantes en cas d'absence de couverture. Pour un devis adapté à votre situation, rapprochez-vous de votre expert-comptable ou de votre courtier en assurance.
Toute la difficulté du traitement d'un arrêt maladie sur le bulletin de paie réside dans l'arbitrage entre le socle légal et les dispositions conventionnelles. La première étape consiste à repérer le code IDCC (Identifiant de Convention Collective), mention obligatoire figurant sur chaque bulletin, puis à consulter le texte correspondant sur Légifrance. C'est l'une des vérifications systématiques réalisées dans le cadre d'une gestion de paie externalisée à Beauvais.
Le socle légal, prévu par l'article L.1226-1 du Code du travail, impose un maintien de salaire à partir d'un an d'ancienneté, avec un délai de carence employeur de 7 jours — distinct des 3 jours de carence Sécurité sociale. Le taux de maintien s'établit à 90 % du salaire brut pendant une première période, puis à 66,66 % pendant une seconde période de durée identique, le tout IJSS comprises. La durée de ces périodes progresse avec l'ancienneté selon la table suivante :
Chaque tranche de 5 ans supplémentaires ouvre 10 jours de plus par période.
La convention collective peut toutefois prévoir des conditions nettement plus favorables : suppression du délai de carence employeur, maintien à 100 % du salaire net, absence de condition d'ancienneté, ou durée d'indemnisation supérieure à 180 jours. Appliquer uniquement le socle légal lorsqu'une convention collective est plus avantageuse expose l'employeur à un manque à payer pour le salarié et à un risque de redressement.
Un point souvent mal maîtrisé : les droits au maintien s'apprécient sur 12 mois glissants (article D.1226-1 du Code du travail), et non sur l'année civile. Si un salarié avec 3 ans d'ancienneté a déjà bénéficié de 20 jours de maintien à 90 % lors d'un arrêt en octobre, un nouvel arrêt en mars suivant n'ouvre droit qu'à 10 jours supplémentaires à ce taux. Ignorer cette règle génère soit un trop-payé, soit un refus injustifié de complément.
À noter : L'employeur qui verse un complément de maintien de salaire dispose d'un droit légal de contre-visite médicale à domicile du salarié en arrêt (droit renforcé depuis 2026). Si le salarié refuse de s'y soumettre, l'employeur peut suspendre le versement du complément employeur pour la période concernée — les IJSS versées par la CPAM continuent quant à elles normalement. Ce refus n'est pas constitutif d'une faute disciplinaire et ne peut en aucun cas servir de motif pour mettre fin au contrat de travail ni pour prononcer une sanction.
La subrogation permet à l'employeur de percevoir les IJSS directement de la CPAM, puis de les reverser au salarié via le bulletin de paie. Ce mécanisme est de droit — donc obligatoire — dès lors que le salaire maintenu est au moins égal au montant des IJSS, ce qui est le cas dans la quasi-totalité des situations.
Sans subrogation, la démarche est plus simple mais moins protectrice : seule la retenue pour absence figure sur le bulletin, et le salarié reçoit ses IJSS séparément de la CPAM. Quelle que soit l'option retenue, l'arrêt doit être signalé en DSN (Déclaration Sociale Nominative) dans les 5 jours suivant sa connaissance. Ce signalement, qui se substitue à l'ancienne attestation de salaire papier, déclenche automatiquement le paiement par la CPAM. Un retard dans cette transmission retarde le remboursement et contraint l'employeur pratiquant la subrogation à avancer des fonds sans compensation immédiate — un coût de trésorerie non négligeable pour une PME.
Lorsque l'employeur pratique la subrogation, les IJSS avancées au salarié sont inscrites en comptabilité comme créance sur organisme social (compte 438 « Autres charges sociales à payer »), soldée à réception du remboursement CPAM — lequel intervient généralement plusieurs semaines après l'édition du bulletin. Pour une PME de 20 salariés confrontée à 2 arrêts simultanés d'un mois chacun, cela représente une avance de trésorerie pouvant dépasser 2 500 € non remboursés immédiatement. Ce coût financier indirect doit être anticipé lors de la gestion de trésorerie mensuelle.
Voici la structure que le bulletin de paie doit impérativement respecter lorsque l'employeur pratique la subrogation :
Exemple — Combien coûte une incohérence de méthode de retenue ? Prenons le cas de Léonie Brachet, assistante administrative à 2 400 € brut/mois, absente 5 jours dans un mois de 31 jours comportant 22 jours ouvrés. En méthode calendaire, la retenue est de 2 400 ÷ 31 × 5 = 387,10 €. En méthode ouvrés, la retenue est de 2 400 ÷ 22 × 5 = 545,45 €. L'écart atteint 158,35 € sur un seul arrêt. Appliquer les deux méthodes de façon incohérente d'un mois sur l'autre produit des bulletins non conformes et expose à un risque de réclamation salariale ou de redressement URSSAF.
Un point de vigilance critique mérite d'être souligné : les IJSS subrogées ne doivent jamais figurer dans le net imposable du bulletin de paie. Elles sont déclarées séparément par la CNAM à l'administration fiscale. Les inscrire dans le net imposable crée un double décompte sur la déclaration de revenus préremplie du salarié, lui causant un préjudice fiscal direct que l'employeur devra rectifier.
À noter : Depuis la loi du 22 avril 2024, les salariés en arrêt maladie non professionnelle acquièrent 2 jours ouvrables de congés payés par mois d'absence, dans la limite de 24 jours ouvrables par période de référence. En cas d'AT/MP, l'acquisition est portée à 2,5 jours par mois, sans plafond annuel (soit 30 jours ouvrables). La Cour de cassation (21 janvier 2026, n° 24-22.228) a précisé les modalités de décompte du plafond de 24 jours. Ces droits doivent figurer sur le bulletin de paie. Toutefois, les jours acquis pendant l'arrêt n'ouvrent pas droit à indemnité de congés payés si le salarié n'a pas repris le travail avant la fin de la période de référence : des règles de report s'appliquent et doivent être traitées distinctement sur le bulletin.
En accident du travail ou maladie professionnelle, les règles diffèrent sensiblement. Aucun délai de carence ne s'applique. Le jour de l'accident est intégralement rémunéré par l'employeur à taux plein. Les IJSS AT/MP sont majorées : 60 % du SJB pendant les 28 premiers jours, puis 80 % au-delà. Ces deux périodes doivent être traitées séparément sur le bulletin. De plus, les IJSS AT/MP ne sont imposables qu'à hauteur de 50 % de leur valeur, conformément à la loi de finances 2010.
En cas de rechute, si la reprise du travail entre deux arrêts pour la même pathologie a duré moins de 48 heures, le délai de carence Sécurité sociale de 3 jours ne se réapplique pas. Appliquer un nouveau délai constitue une retenue injustifiée sur le salaire.
Pendant la période d'essai, le contrat est suspendu sans droit au maintien légal, l'ancienneté d'un an n'étant pas atteinte. Seule la retenue pour absence apparaît sur le bulletin, sauf si la convention collective prévoit des dispositions plus favorables. Le salarié peut néanmoins percevoir des IJSS s'il remplit les conditions d'ouverture de droits.
Pour les arrêts de longue durée, l'indemnisation IJSS est plafonnée à 360 jours sur 3 ans consécutifs, sauf en cas d'Affection de Longue Durée (3 ans sans limitation). Lorsque la Sécurité sociale propose une pension d'invalidité, l'employeur doit adapter son calcul : c'est la pension d'invalidité, et non les IJSS, qu'il convient de déduire du maintien garanti. Si un contrat de prévoyance collective existe, ses indemnités doivent figurer sur une ligne distincte des IJSS Sécurité sociale, car leurs régimes fiscaux et sociaux diffèrent. Concrètement, lorsque le contrat de prévoyance prend le relais après épuisement des droits IJSS, le même mécanisme de subrogation peut s'appliquer entre l'employeur et l'organisme de prévoyance. Si les cotisations patronales au contrat ont bénéficié d'une exonération de charges, les prestations correspondantes sont soumises aux cotisations sociales de droit commun au-delà des seuils légaux — à la différence des IJSS, uniquement soumises à CSG/CRDS à 6,70 %. Confondre les deux lignes sur le bulletin constitue une erreur génératrice de sous-déclaration aux cotisations, dont le prix peut se révéler élevé en cas de contrôle.
Après un arrêt maladie, le médecin traitant peut prescrire une reprise à temps réduit (mi-temps thérapeutique). Le salarié perçoit alors simultanément un salaire calculé au prorata du temps travaillé et des IJSS pour la part non travaillée. Ces IJSS peuvent faire l'objet d'une subrogation par l'employeur (aux mêmes conditions que pour un arrêt complet), et l'arrêt doit être signalé en DSN. Sur le bulletin de paie, la retenue pour absence partielle, les IJSS subrogées et le complément employeur doivent apparaître sur des lignes distinctes. Attention : le temps partiel thérapeutique doit être expressément accordé par le médecin-conseil de la CPAM ; sans cet accord, l'employeur ne peut pas le mettre en place, même si le médecin traitant l'a prescrit.
Depuis le 1er septembre 2026, la LFSS 2026 plafonne la durée initiale d'un arrêt à 31 jours, avec des prolongations possibles par tranches de 62 jours maximum. Chaque renouvellement doit être signalé en DSN dans les 5 jours. Un retard retarde le remboursement CPAM et expose l'employeur à une avance de trésorerie non compensée.
Enfin, depuis l'arrêt de la Cour de cassation du 10 septembre 2025, un arrêt maladie survenant pendant les congés payés impose de requalifier la période en absence maladie et de recréditer les jours de congé correspondants, à condition que le salarié ait notifié son arrêt pendant ses congés. Le traitement du bulletin doit refléter cette requalification.
Conseil : Pour évaluer précisément combien un arrêt maladie coûte à votre entreprise (maintien de salaire, avance de trésorerie liée à la subrogation, cotisations sociales sur indemnités de prévoyance), demandez un devis d'externalisation de votre gestion sociale. Un chiffrage personnalisé permet de comparer le prix d'un traitement en interne — avec son risque d'erreur et de redressement — au coût d'un accompagnement par un cabinet spécialisé. Chez Solut'Expert, ce diagnostic est réalisé en tenant compte de votre convention collective, de votre effectif et de la fréquence des arrêts constatée dans votre entreprise.
Traiter un arrêt maladie sur le bulletin de paie avec un maintien de salaire conforme suppose une rigueur qui dépasse la simple saisie informatique : vérification des droits, identification du régime conventionnel, construction ligne par ligne et anticipation des cas particuliers. C'est précisément le type d'accompagnement que propose Solut'Expert depuis Beauvais, en prenant en charge la gestion sociale des entreprises avec un souci constant de conformité réglementaire et de protection contre les risques de redressement. Si vous êtes dirigeant, artisan ou profession libérale dans l'Oise et que vous souhaitez sécuriser vos bulletins de paie, n'hésitez pas à solliciter l'équipe de Solut'Expert pour un accompagnement personnalisé, adapté à votre convention collective et à la taille de votre structure.